系
- 生物学系
- 生物化学系
- 细胞生物学系
- 遗传与发育生物学系
- 免疫与微生物学系
- 教育部寄生动物学研究室（厦门大学）
- 天然产物源靶向药物国家地方联合工程实验室
- 福建省医学分子病毒研究中心
- 福建省药物工程实验室
- 厦门市医学分子病毒研究中心
- 厦门市海洋微生物新药工程技术研究中心
- 厦门市植物遗传重点实验室
- 预防医学系
- 实验医学系
- 药学系
- 教育部“核受体肿瘤分子靶点与药物开发”创新团队
- 福建省药学人才培养创新实验区
- 福建省药学实验教学示范中心
- 海洋活性物质功能质量和安全性评价技术平台
- 厦门化学创新药研发平台
- 厦门市代谢性疾病重点实验室
- 厦门市手性药物重点实验室
- 厦门市瘤细胞与分子诊疗重点实验室
- 厦门生物医药协同创新中心
- 厦门市靶点新药工程技术研究中心
- 厦门市林下中药资源工程技术研究中心
- 厦门化学创新药研发重大平台（技术支撑单位）
- 临床医学系
- 中医学系
- 护理学系
- 眼视光系
- 口腔医学系
- 基础医学部
- 福建省眼科与视觉科学重点实验室
- 福建省神经退行性疾病及衰老研究重点实验室
- 厦门大学抗癌研究中心
- 福建省基础医学实验教学示范中心
- 福建省药学实验教学示范中心
- 海峡（厦门）中医药科技平台
- 厦门市手性药物重点实验室
- 厦门大学附属东南医院
- 厦门大学附属东方医院